COURS DE PHYTOPATHOLOGIE, 4ÈME ANNÉE, OPTION AGRICULTURE GÉNÉRALE
Édition 2025 / Enseignement primaire, secondaire et technique en RDC
Préliminaires
1. Vision et Finalités du Cours
Ce cours avancé de phytopathologie a pour finalité de former un technicien A2 capable d’opérer comme un véritable « médecin des plantes », en développant des stratégies de protection intégrée pour les principaux agrosystèmes de la République Démocratique du Congo. La vision est de passer d’une approche curative et chimique à une gestion proactive et systémique de la santé des cultures, en minimisant les pertes de production tout en préservant la santé des écosystèmes et des consommateurs.
2. Compétences Visées
Au terme de cette formation, l’élève sera en mesure d’analyser une situation phytosanitaire complexe, de comprendre les facteurs d’une épidémie, de concevoir un programme de lutte intégrée (IPM) adapté à une culture et une région données, et de maîtriser les principes de l’utilisation sécuritaire et raisonnée des pesticides. Il sera capable de diagnostiquer et de proposer des plans de gestion pour les maladies des cultures vivrières, maraîchères, industrielles et fruitières.
3. Approche Pédagogique
L’enseignement est basé sur une approche par étude de cas et par résolution de problèmes. Les élèves travaillent sur des scénarios phytosanitaires réels, tirés des contextes agricoles variés du pays (ex: la gestion de la cercosporiose noire du bananier dans le Kongo Central, la lutte contre la pourriture brune des cabosses de cacao en Ituri). La démarche « observer-comprendre-agir » est privilégiée, avec des diagnostics de terrain, des analyses de cycles épidémiques et l’élaboration de plans de lutte argumentés.
4. Modalités d’Évaluation
L’évaluation se concentre sur la capacité de l’élève à élaborer des stratégies de protection. Le contrôle continu s’appuie sur la pertinence des diagnostics posés et la qualité des plans de lutte proposés pour des cas concrets. L’épreuve d’intégration finale est une étude de cas complète où l’élève, face à une problématique phytosanitaire complexe sur une culture industrielle, doit produire une note technique complète proposant un programme de Protection Intégrée sur trois ans, incluant les aspects techniques, économiques et environnementaux.
Partie 1 : Stratégies Avancées de Protection des Cultures 🎯
Cette première partie élève le niveau de réflexion du diagnostic individuel à la gestion stratégique des maladies à l’échelle d’une population de plantes. Elle aborde la modélisation des épidémies, les principes fondamentaux de la lutte intégrée (IPM) comme doctrine de base, et la gestion responsable des produits phytosanitaires.
Chapitre 1 : L’Épidémiologie et la Prévision des Risques Sanitaires
1.1. La Dynamique des Épidémies
1.1.1. Le Cycle Épidémique
Le cycle de développement d’une maladie à l’échelle d’une parcelle ou d’une région est analysé, en intégrant les phases de conservation de l’inoculum, de dissémination, d’infection et de multiplication.
1.1.2. La Modélisation Simple des Épidémies
Des modèles simples (courbes de croissance) sont introduits pour visualiser et comprendre la vitesse de propagation d’une maladie en fonction du temps.
1.1.3. L’Influence des Facteurs Environnementaux
L’impact du climat (pluie, température, humidité) sur le déclenchement et la sévérité des épidémies est analysé en détail, avec des exemples pour les maladies fongiques favorisées par l’humidité dans la Cuvette Centrale.
1.1.4. L’Avertissement Agricole
Le concept d’avertissement agricole, qui consiste à surveiller les conditions climatiques et le niveau d’inoculum pour prévoir les risques et déclencher les traitements au bon moment, est présenté.
1.2. L’Analyse Spatiale des Maladies
1.2.1. Les Foyers Primaires d’Infection
L’identification et la gestion des sources initiales d’inoculum (foyers primaires) sont présentées comme une stratégie clé pour retarder ou empêcher le démarrage d’une épidémie.
1.2.2. La Structure Spatiale des Épidémies
L’analyse de la répartition des plantes malades dans l’espace (aléatoire, agrégée, en gradient) est expliquée comme un moyen de comprendre le mode de dissémination du pathogène.
1.2.3. Les Gradients de Dissémination
La manière dont les maladies se propagent à partir d’un foyer (gradient de dispersion) est étudiée, notamment pour les pathogènes disséminés par le vent ou les éclaboussures.
1.2.4. La Cartographie des Risques
L’utilisation de la cartographie pour visualiser les zones à haut risque sanitaire et pour organiser la surveillance et la lutte à l’échelle d’un territoire est introduite.
Chapitre 2 : Les Principes de la Lutte Intégrée (IPM)
2.1. Philosophie et Concepts
2.1.1. Définition et Objectifs de l’IPM
La Lutte Intégrée (Integrated Pest Management) est définie comme une approche holistique qui combine de manière raisonnée toutes les techniques de lutte disponibles pour maintenir les populations de bio-agresseurs sous un seuil de nuisibilité économique.
2.1.2. La Notion de Seuil de Nuisibilité
Le concept de seuil de tolérance économique est expliqué : il s’agit du niveau de maladie à partir duquel les pertes de rendement attendues dépassent le coût de l’intervention de lutte.
2.1.3. La Priorité à la Prévention
La philosophie de l’IPM, qui donne la priorité absolue aux méthodes de prévention pour éviter l’apparition des problèmes, est soulignée.
2.1.4. La Prise de Décision Éclairée
L’IPM est présentée comme une approche basée sur l’observation, le suivi (scouting) et la prise de décision, en opposition à une lutte systématique et calendaire.
2.2. La Mise en Œuvre de l’IPM
2.2.1. La Pyramide de la Lutte Intégrée
La hiérarchie des méthodes est visualisée par une pyramide : la base large est constituée par la prévention et la lutte culturale ; le niveau supérieur par la lutte physique et biologique ; le sommet, utilisé en dernier recours, par la lutte chimique raisonnée.
2.2.2. Le Suivi Régulier des Cultures (Scouting)
La pratique du suivi régulier des parcelles pour dépister précocement l’apparition des maladies et évaluer leur niveau d’incidence est enseignée comme une condition indispensable à l’IPM.
2.2.3. La Combinaison des Méthodes de Lutte
L’art de l’IPM consiste à combiner intelligemment plusieurs méthodes de lutte (ex: variété résistante + pratiques culturales + traitement biologique) pour un effet synergique.
2.2.4. L’Évaluation des Stratégies
L’efficacité des programmes d’IPM doit être évaluée non seulement sur le plan technique (contrôle de la maladie) mais aussi économique et environnemental.
Chapitre 3 : La Gestion des Produits Phytosanitaires et la Sécurité
3.1. Classification et Choix des Produits
3.1.1. La Classification par Famille Chimique
Les grandes familles de matières actives (ex: triazoles, strobilurines pour les fongicides) sont présentées, en lien avec leurs modes d’action.
3.1.2. La Notion de Spectre d’Activité
La distinction est faite entre les produits à spectre étroit (spécifiques à un groupe de pathogènes) et à spectre large (qui peuvent affecter aussi les organismes non-cibles).
3.1.3. Le Choix Raisonné d’un Produit
Les critères pour choisir un produit sont listés : efficacité prouvée, sélectivité, faible toxicité, et profil environnemental favorable.
3.1.4. La Lutte contre les Produits de Contrefaçon
La problématique des pesticides de contrefaçon ou non-homologués, très présents sur les marchés informels en RDC, et les dangers associés (inefficacité, toxicité accrue) sont abordés.
3.2. La Gestion des Risques
3.2.1. Le Risque de Développement de Résistances
Le mécanisme de sélection de souches de pathogènes résistantes suite à l’usage répété de la même matière active est expliqué.
3.2.2. Les Stratégies Anti-résistance
Les stratégies pour prévenir l’apparition de résistances sont détaillées : l’alternance des familles chimiques, l’utilisation de produits en mélange, et la limitation du nombre de traitements.
3.2.3. L’Impact sur les Auxiliaires et l’Environnement
L’impact négatif des pesticides non-sélectifs sur les organismes utiles (prédateurs, pollinisateurs) et sur l’environnement (contamination de l’eau, du sol) est analysé.
3.2.4. La Sécurité de l’Applicateur et du Consommateur
L’importance du respect des doses, du port des EPI, et du Délai Avant Récolte (DAR) est réaffirmée comme une obligation non négociable.
Partie 2 : Pathologie des Cultures Vivrières et Maraîchères 🥕
Cette partie applique les stratégies de protection intégrée aux cultures qui forment la base de la sécurité alimentaire. Pour chaque grand groupe de cultures, les complexes de maladies majeures sont analysés et des plans de gestion spécifiques sont élaborés, en intégrant les réalités des systèmes de production paysans.
Chapitre 4 : La Gestion des Maladies des Racines et Tubercules
4.1. Le Complexe Viral du Manioc
4.1.1. La Mosaïque Africaine du Manioc (CMD)
La stratégie de lutte intégrée contre la CMD est détaillée, reposant quasi exclusivement sur la diffusion à grande échelle de variétés résistantes créées par la recherche.
4.1.2. La Striure Brune du Manioc (CBSD)
La menace de la CBSD, une maladie virale plus récente qui provoque des nécroses dans les tubercules et qui progresse depuis l’Est du pays, est analysée. La recherche de variétés à double résistance (CMD+CBSD) est l’enjeu actuel.
4.1.3. Les Bactérioses du Manioc
La bactériose vasculaire est présentée, et les mesures de lutte prophylactiques (utilisation de boutures saines, désinfection des outils) sont expliquées.
4.1.4. La Gestion Intégrée en Maniocraie
Un plan de gestion synthétique est proposé, combinant le choix variétal, la production de matériel de plantation sain (parcs à bois) et des pratiques culturales améliorant la vigueur des plants.
4.2. Les Maladies de la Pomme de Terre
4.2.1. Le Mildiou (Phytophthora infestans)
La gestion du mildiou, la maladie la plus explosive de la pomme de terre dans les hautes terres, est détaillée : utilisation de variétés tolérantes, buttage efficace, et programme de traitements fongicides raisonnés basé sur l’avertissement.
4.2.2. Les Maladies Virales (Enroulement, Mosaïque)
L’impact des virus sur la dégénérescence des plants de pomme de terre est expliqué. La lutte repose sur l’utilisation de semences certifiées saines.
4.2.3. La Gale Commune et la Jambe Noire
La gestion de ces maladies bactériennes passe par le choix de parcelles saines, une bonne rotation et la gestion de l’humidité du sol.
4.2.4. La Lutte Intégrée en Culture de Pomme de Terre
Un itinéraire de protection intégré est construit, montrant comment la combinaison des différentes méthodes permet de réduire la dépendance aux fongicides.
Chapitre 5 : La Gestion des Maladies des Céréales
5.1. Le Complexe Pathologique du Maïs
5.1.1. La Striure Africaine du Maïs
La gestion de cette maladie virale, transmise par des cicadelles, est abordée à travers l’utilisation de variétés résistantes et le contrôle des dates de semis pour éviter les pics de population du vecteur.
5.1.2. Les Helminthosporioses
Les maladies foliaires fongiques comme l’helminthosporiose sont décrites. La lutte combine la résistance variétale et la rotation des cultures.
5.1.3. Les Pourritures de Tige et d’Épi
Les pourritures causées par des champignons (Fusarium, Diplodia), qui affectent la qualité sanitaire du grain (mycotoxines), sont présentées. La lutte est principalement préventive (variétés, conditions de récolte).
5.1.4. Le Programme de Protection du Maïs
Un programme de gestion intégrée est proposé pour une culture de maïs dans les conditions de savane de l’ancienne province du Kasaï-Oriental.
5.2. Les Maladies du Riz
5.2.1. La Pyriculariose
La gestion de la pyriculariose, maladie majeure du riz, est détaillée : choix de variétés tolérantes, gestion de la fertilisation azotée, et traitements fongicides ciblés sur les stades sensibles.
5.2.2. La Gaine Tachetée (Rhizoctonia solani)
Cette maladie fongique, favorisée par les fortes densités et l’humidité, est décrite.
5.2.3. Le Virus de la Panachure Jaune
Une introduction est faite à cette maladie virale, en décrivant ses symptômes et ses modes de gestion.
5.2.4. La Gestion Sanitaire en Rizière Irriguée
Un plan de gestion spécifique à la riziculture irriguée est élaboré, en intégrant la gestion de l’eau comme un outil de lutte contre certaines maladies.
Partie 3 : Pathologie des Cultures de Rente et Industrielles 💰
Cette section applique les principes de la protection intégrée aux cultures pérennes à haute valeur économique. La gestion sanitaire de ces cultures est un investissement à long terme, où les décisions doivent être prises dans une perspective de durabilité de la plantation sur plusieurs décennies.
Chapitre 6 : La Gestion des Maladies du Caféier et du Cacaoyer
6.1. La Pathologie du Caféier
6.1.1. La Rouille Orangée de l’Arabica (Hemileia vastatrix)
La stratégie de lutte intégrée contre la rouille est détaillée : utilisation de variétés résistantes, gestion de l’ombrage pour contrôler le microclimat, et application raisonnée de fongicides cupriques ou systémiques.
6.1.2. L’Anthracnose des Baies (Coffee Berry Disease)
Cette maladie, spécifique aux hautes altitudes africaines, et sa gestion sont présentées.
6.1.3. La Trachéomycose du Robusta (Fusarium xylarioides)
La gestion de cette maladie vasculaire mortelle, qui a décimé les plantations de basse altitude, est abordée. Elle repose sur la prophylaxie et la recherche de matériel végétal résistant, un enjeu majeur pour la relance de la filière dans la province de la Tshopo.
6.1.4. L’Itinéraire de Protection d’une Caféière
Un calendrier annuel de protection intégrée pour une plantation de café est proposé.
6.2. La Pathologie du Cacaoyer
6.2.1. La Pourriture Brune des Cabosses (Phytophthora spp.)
La gestion de la maladie la plus importante du cacaoyer est détaillée : enlèvement régulier des cabosses malades (sanitation), taille d’aération, et traitements fongicides en saison des pluies.
6.2.2. Le « Swollen Shoot » (Gonflement des Rameaux)
Cette maladie virale grave, transmise par des cochenilles, est décrite. La lutte passe par l’arrachage des arbres malades et l’utilisation de matériel de plantation sain.
6.2.3. La Moniliose et la Maladie du Balai de Sorcière
Ces deux maladies majeures d’Amérique Latine sont présentées comme des menaces potentielles sous surveillance quarantenaire.
6.2.4. La Gestion Intégrée d’une Cacaoyère
Un plan de gestion intégré est construit, montrant l’importance de la combinaison des pratiques culturales et de la lutte chimique ciblée.
Chapitre 7 : La Gestion des Maladies du Palmier à Huile et du Cotonnier
7.1. La Pathologie du Palmier à Huile
7.1.1. La Fusariose Vasculaire
La gestion de cette maladie du sol, la plus redoutable pour le palmier à huile en Afrique, est expliquée. Elle repose entièrement sur l’utilisation de matériel végétal sélectionné pour sa résistance.
7.1.2. La Pourriture du Cœur et la Gangrène du Stipe
D’autres maladies du palmier sont décrites, ainsi que les mesures prophylactiques associées.
7.1.3. L’Importance de la Pépinière
Le rôle crucial de la pépinière pour produire des plants vigoureux et sains, et pour éliminer les plants anormaux, est réaffirmé comme la première étape de la gestion sanitaire.
7.1.4. La Stratégie de Protection de la Palmeraie
La stratégie globale, essentiellement préventive et basée sur le choix du matériel génétique, est synthétisée.
7.2. La Pathologie du Cotonnier
7.2.1. La Fusariose et la Verticilliose
Ces deux maladies vasculaires sont présentées. La lutte combine la rotation des cultures et l’utilisation de variétés résistantes.
7.2.2. La Maladie Bactérienne (Gommose)
La gommose, qui affecte tous les organes de la plante, est décrite. Le traitement des semences à l’acide est une méthode de lutte efficace.
7.2.3. Les Pourritures de Capsules
Les pourritures de capsules, souvent favorisées par les piqûres d’insectes, sont une cause de perte de qualité de la fibre.
7.2.4. La Gestion Sanitaire de la Cotonneraie
Un itinéraire intégré est proposé, liant étroitement la gestion des maladies à celle des insectes ravageurs.
Chapitre 8 : La Gestion des Maladies des Cultures Fruitières
8.1. La Pathologie du Bananier
8.1.1. La Cercosporiose Noire (Maladie des Raies Noires)
La gestion de cette maladie foliaire, qui réduit la photosynthèse et la qualité des fruits, est détaillée : effeuillage sanitaire régulier, drainage, et application raisonnée de fongicides systémiques.
8.1.2. La Maladie de Panama (Fusariose Vasculaire)
La gestion de cette maladie du sol est rappelée, basée sur la prophylaxie et l’utilisation de variétés résistantes, un enjeu clé pour la production de bananes plantain dans des provinces comme le Kongo Central.
8.1.3. Le « Bunchy Top » (Maladie du Bout Touffu)
Cette maladie virale, transmise par des pucerons, est décrite. La lutte impose l’éradication des plants malades et l’utilisation de vitroplants sains.
8.1.4. Le Programme de Protection de la Bananeraie
Un programme complet est élaboré, intégrant la lutte contre les maladies et les nématodes.
8.2. La Pathologie des Agrumes
8.2.1. Le « Greening » (Huanglongbing – HLB)
Cette maladie bactérienne, la plus destructrice pour les agrumes au monde et transmise par des psylles, est présentée comme une menace majeure sous haute surveillance.
8.2.2. La Tristeza
Cette maladie virale, transmise par les pucerons, est gérée par l’utilisation de porte-greffes tolérants.
8.2.3. L’Anthracnose et les Pourritures de Fruits
La gestion des maladies fongiques qui affectent la qualité des fruits avant et après la récolte est abordée.
8.2.4. La Lutte Intégrée en Verger d’Agrumes
Un plan de gestion annuel pour un verger est proposé, incluant les tailles sanitaires, les traitements d’hiver et les interventions spécifiques en saison.
Partie 4 : Thématiques Spécifiques et Innovations 💡
Cette dernière partie aborde des sujets transversaux et des innovations en protection des végétaux. Elle se concentre sur les maladies telluriques et celles transmises par les semences, des enjeux cachés mais fondamentaux, et ouvre une perspective sur les nouvelles approches de la phytopathologie pour l’agriculture de demain.
Chapitre 9 : La Gestion des Maladies des Semences et du Sol
9.1. Les Maladies Transmises par les Semences
9.1.1. L’Importance Sanitaire des Semences
Les semences sont présentées comme un vecteur majeur de dissémination des maladies sur de longues distances. L’adage « semence saine, culture saine » est la base de la protection des plantes.
9.1.2. Les Méthodes de Détection
Des méthodes simples d’inspection visuelle et de test (blotter test) pour évaluer la qualité sanitaire d’un lot de semences sont introduites.
9.1.3. Les Traitements de Semences
Les techniques de traitement des semences (chimique, biologique, physique) pour les désinfecter et les protéger durant la germination sont détaillées.
9.1.4. La Production de Semences Saines
Le respect de règles strictes durant la production de semences (isolement, inspections, traitements) pour garantir leur qualité sanitaire est expliqué.
9.2. Les Maladies d’Origine Tellurique
9.2.1. Le Complexe des Pathogènes du Sol
Les principaux groupes de pathogènes du sol (Fusarium, Rhizoctonia, Pythium, Sclerotium) qui provoquent les fontes de semis et les pourritures racinaires sont présentés.
9.2.2. La Notion de « Sol Suppressif »
Le concept de sol suppressif, un sol dont l’intense activité microbienne bénéfique empêche le développement des pathogènes, est introduit.
9.2.3. La Lutte par la Solarisation et la Biofumigation
Les techniques de désinfection du sol par la chaleur (solarisation) ou par l’incorporation de matières végétales spécifiques (biofumigation) sont décrites.
9.2.4. La Gestion Intégrée des Maladies Telluriques
Une stratégie intégrée est proposée, combinant des rotations longues, l’utilisation de variétés résistantes, des amendements organiques pour stimuler la vie du sol, et le recours à des agents de lutte biologique.
Chapitre 10 : Les Innovations en Protection des Végétaux
10.1. Les Nouveaux Outils de Diagnostic
10.1.1. Les Kits de Diagnostic Rapide
Les kits de type ELISA ou les bandelettes de test, qui permettent de détecter la présence d’un virus ou d’une bactérie en quelques minutes au champ, sont présentés.
10.1.2. Le Diagnostic par Biologie Moléculaire (PCR)
La technique PCR est introduite comme un outil de laboratoire extrêmement sensible et précis pour l’identification des agents pathogènes.
10.1.3. L’Imagerie et la Télédétection
L’utilisation de drones et d’images satellites pour surveiller l’état sanitaire des cultures sur de grandes surfaces est évoquée comme une technologie d’avenir.
10.1.4. Les Réseaux d’Épidémiosurveillance
La mise en place de réseaux participatifs de surveillance, où les observations des agriculteurs sont collectées via des applications mobiles, est présentée comme une innovation pour le suivi des épidémies.
Chapitre 11 : Bilan et Agriculture Durable
11.1. Synthèse des Stratégies Intégrées
11.1.1. L’Approche Agro-écologique
La protection des plantes est resituée dans le cadre plus large de l’agro-écologie, qui vise à concevoir des agrosystèmes résilients, moins dépendants des intrants externes.
11.1.2. La Santé du Sol, Clé de la Santé des Plantes
L’importance de la gestion de la santé du sol (matière organique, biodiversité) comme fondement de la prévention des maladies est réaffirmée.
11.1.3. La Biodiversité Fonctionnelle
L’aménagement du paysage agricole (haies, bandes fleuries) pour héberger les ennemis naturels des ravageurs et les pollinisateurs est présenté comme une stratégie de protection indirecte.
11.1.4. Le Rôle du Technicien Phytosanitaire
Le rôle futur du technicien est synthétisé : il doit évoluer d’un « prescripteur de pesticides » à un « conseiller en gestion de la santé de l’agrosystème ».
Annexes
1. Modèle de Fiche de Suivi Phytosanitaire (Scouting)
Cette annexe propose une fiche type pour le suivi régulier d’une parcelle. Elle guide l’élève sur les informations à collecter : stade de la culture, identification des maladies et ravageurs observés, estimation de l’incidence et de la sévérité, et décision d’intervention.
2. Guide de Préparation et d’Application des Pesticides
Un guide pratique et visuel détaille les étapes de sécurité pour la manipulation des produits phytosanitaires : la lecture de l’étiquette, le calcul de la dose, la préparation de la bouillie, le port des EPI, et le nettoyage du matériel et la gestion des emballages vides.
3. Clés d’Identification des Maladies par Culture
Des clés de détermination simplifiées sont fournies pour les maladies des trois cultures les plus importantes de la RDC (manioc, maïs, bananier). En répondant à une série de questions sur les symptômes, l’élève est orienté vers un diagnostic probable.
4. Catalogue des Méthodes de Lutte Alternative
Cette annexe présente un catalogue de fiches techniques sur les méthodes de lutte alternatives à la chimie de synthèse. Elle inclut des recettes de biopesticides, des guides sur l’élevage d’auxiliaires et des protocoles pour la solarisation du sol.